Geboren in een politiek vooraanstaand gezin, kreeg hij in 1566 de mogelijkheid te studeren in Genève bij o.m. Beza en in Heidelberg bij o.m. Tremellius en Zanchius. Zijn broer Johannes stierf in 1568 als predikant van een vluchtelingengemeente te Norwich op de leeftijd van 31 jaar. 

In 1574/75 werd Wernerus predikant bij de Nederlandse vluchtelingengemeente te Frankfurt am Main, waar hij in een schuur preekte. Geweformeerden kregen daar geen kerkgebouw. 

Na een rondreis door Vlaanderen werd Helmichius in 1578-79 gevraagd predikant te worden in Utrecht, waar de sporen van Hubertus Duifhuis nog goed merkbaar waren. Helmichius hield eerst in kleinere kerkgebouwen zijn preken, maar preekte voor het eerst in de Dom pas op 15 januari 1581. Zijn plaatselijke collega’s waren Nic. Sopingius, Herman Moded, Joh. Uytenbogaert. Hij heeft veel gedaan voor de Utrechtse Waalse gemeente. Zijn vredelievende streven werd gewaardeerd, zodat hij in Leiden gevraagd werd om de geschillen tussen Caspar Colhaes en de Leidse kerkenraad te helpen oplossen. 

Ook fungeerde Helmichius als scriba van de synode van ’s-Gravenhage 1586. 

In Utrecht kwam het mee door zijn optreden tot vereniging van de gereformeerden van (de intussen overleden) Hubertus Duifhuis met de andere gereformeerden.    

In 1590 vertrok Helmichius naar Delft waar hij Bijbelvertaler actief was; hij bedankte voor een professoraat in Leiden.

In 1602 nam hij het beroep aan naar Amsterdam;  zijn zwakke gezondheid remde hem zodat zijn inzet voor de Bijbelvertaling niet groot was. Toch woonde hij wel veel gesprekken met Arminius bij en trad op als assessor in 1597 van de voorbereidende vergadering voor een synode. In mei 1608 was hij nog wel aanwezig bij de Haagse conferentie tussen Arminius en Gomarus, aar keerde ziek terug in Amsterdam. 

Helmichius werd tijdens zijn ambtelijke loopbaan vaak gevraagd naar zijn oordeel, o.a. in de zaak-Coolhaes te Leiden, Wiggertsz. te Hoorn, Venator te Alkmaar en Herberts te Gouda. 

Hoewel Helmichius (volgens G.P. van Itterzon in CE ²) geen enkel geschrift heeft gepubliceerd werd hij gerekend tot de belangrijkste voormannen van de Contra-Remonstranten, daarbij tegelijk ook gewaardeerd door diverse remonstranten.

Lit.:

J. Hania Pzn.           Wernerus Helmichius. Utrecht 1895

G.P. van Itterzon      ‘Wernerus Helmichius’; in: BLGNP deel 2