\De eerste vier levensjaren bracht Johannes door in Uplewert, Oost-Friesland, waar de Friese familie heen gevlucht was vanwege de macht van de inquisitie in Noord-Nederland. Vader Bogerman (Johannes sr.) was namelijk eerst priester in Kollum, die volgens sommige berichten in Lutherse geest preekte – een van de vele voorbeelden van de toenmalige groep ‘protestantiserende geestelijken’. In 1567 vluchtte Bogerman sr. voor de noordelijke stadhouder Arenberg en werd protestants predikant te Uplewert in Oost-Friesland. Na de bevrijding van Friesland werd Johannes sr. in 1580 predikant te Bolsward en vanaf 1592 te Kampen, in 1593 te Steenwijk, in 1597 te  Appingedam vanaf 1598 en tenslotte in Hasselt tot zijn overlijden (tussen 1604 en 1607).  

Johannes jr. werd in 1592 student te Franeker, waar hij o.m. colleges volgde bij Johannes Drusius (Oosterse talen) en Sibrandus Lubbertus, Martinus Lydius en anderen o.w. Johannes Arcerius (geb. te Noordhorn). Doordat vader de studie niet kon bekostigen – hij was door de troepen van Arenberg in 1567 compleet beroofd van al zijn geld en goed – kreeg Johannes jr. een beurs van de Staten van Friesland. Die beurs was zo ruim dat Bogerman jr. ook buitenlandse studiereizen kon maken, zoals naar Heidelberg, Genève, Zürich, Lausanne, Oxford en Cambridge.  Door zijn toen ontstane contacten met studiegenoten heeft hij veel vrienden weten te maken die hij in 1618/19 weer ontmoette in Dordrecht. 

Op 23 sept. 1599 werd Bogerman gereformeerd predikant in Sneek (nauwelijks 23 jaar!). Daar keerde hij zich met zijn collega Gosuinus Geldorp tegen de doopsgezinden, wat ertoe leidde dat de stad tegen de diensten van deze religieuze groepering plakkaten uitvaardigde. Toch was de geref. Kerk daar een minderheidsgemeente: 30% van de inwoners behoorde daarbij; de doopsgezinden waren talrijker. Na veel getouwtrek met Enkhuizen werd Bogerman in 1602 aan de gemeente in deze West-Friese stad verbonden. Na evenveel getouwtrek vertrok hij in 1604 naar Leeuwarden. In deze stad schreef Bogerman een boek tegen de Jezuïeten dat hij opdroeg aan (de gereformeerde) stadhouder Willem Lodewijk, met wie hij nauw bevriend was geworden. 

Met betrekking tot de leergeschillen tussen Arminius en Gomarus was Bogerman in mei 1607 een van de 13 leden van de voorbereidende vergadering (voor een synode) waar men te oordelen had over eventuele revisie van de belijdenis. Deze bijeenkomst heeft laten zien wat er bij de (a.s.) Remonstranten (Arminius en Uytenbogaert voorop) voor zat: zij wilden wel dat er een synode werd uitgeschreven, maar dat er in de tijd die nodig was voor het bedoelde onderzoek alle ruimte was voor leerstellingen die niet gebonden waren aan de bestaande confessie en catechismus. Daar wilde de meerderheid van (a.s.) Contra-Remonstranten niets van weten. 

In 1610 was Bogerman preses van de Friese synode, waar de wenselijkheid werd uitgesproken dat predikanten, schoolmeesters en hoogleraren de belijdenis opnieuw zouden ondertekenen. 

Toen na de dood van Arminius de benoeming van Conradus Vorstius een feit zou worden verzetten alle Leeuwarder predikanten zich daartegen. Hun bezwaar betrof de mogelijke door Vorstius ontkende leer van de Drieëenheid en de ontkenning van de zoendood van Christus. Uiteindelijk trokken de Saten van Holland de benoeming van Vorstius in. De toegenomen onrust was goed merkbaar aan het verschijnen van geschriften van voor- en tegenstanders van Vorstius (iemand als Hugo de Groot verdedigde Vorstius). 

In 1618 kreeg Bogerman verlof om drie maanden lang de preekdiensten waar te nemen in de Haagse Kloosterkerk, waar prins Maurits ter kerke ging, welk verlof met twee maanden werd verlengd op verzoek van prins Maurits. Critici wezen Bogerman erop dat hij was voorgegaan in diensten van een ‘scheurkerk’; maar hij verdedigde zich door te stellen dat de overheid dit zo gewild had. De ’scheurkerk’ was een ‘dolerende’ gereformeerde kerk in de tijd voorafgaand aan de Synode van Dordrecht; deze gereformeerde gemeente onderscheidde zich de kerk van de Remonstranten die een meerderheid hadden in Holland. Doleantie is een kerkhistorisch begrip dat stamt uit de 17^deeeuw!

Bogerman werd door Friesland afgevaardigd naar de Synode te Dordrecht en werd in de tweede zitting gekozen tot voorzitter, 14 november 1618. Hij zette zijn stempel op de synode door zijn redevoeringen, zijn discussies, zijn beleid (dat ook in de gebeden tot uitdrukking kwam). Hij liet met kracht van argumenten weten dat de remonstranten ongelijk hadden met de bewering dat de synode geen recht had om tot beslissende uitspraken te komen. Na hen een aantal beslissende vragen te hebben gesteld – waarop geen afdoend antwoord kwam of helemaal geen antwoord – werden de remonstranten op 14 januari 1619 uit de synodevergadering weggezonden!

Na nog diverse andere zaken dan die m.b.t. de remonstranten te hebben afgehandeld werd de synode provisorisch gesloten op 6 mei. Evenwel werd op 13 mei begonnen met de ‘nazittingen’ die nog de verdere maand mei in beslag namen. 

Nog enkele bijzonderheden over Bogerman nade Dordtse Synode:

• Bleef eerst nog in Den Haag als raadsman van Maurits en de Staten-Generaal
• Ging naar het Arminiaansgezinde Utrecht om de nieuwe kerkorde in te voeren
• In 1625 was hij aanwezig bij het sterven van prins Maurits, hij schreef een kort bericht daarover
• Werkte als bijbelvertaler OT wegens zijn grote kennis van het Hebreeuws
• Was voorstander van het opnemen van de apocriefe boeken in de Statenbijbel
• Werd in 633 benoemd tot hoogleraar in Franeker, kon pas in 1636 zijn werk beginnen
• Bijbelvertaling kwam gereed in 1637 en werd gepresenteerd aan de Staten-Generaal kort na het sterven van Bogerman (hij stierf kinderloos) – hij werd bijgezet in de Martinikerk van Franeker
• Bogerman heeft veel kritiek op zijn optreden moeten incasseren; maar zijn medestanders hebben hem altijd hoog gehouden en zagen in hem een integer e voorzitter en een theoloog van onbetwistbare gereformeerde spiritualiteit.

Literatuur

H. Edema van der Tuuk     Johannes Bogerman. Groningen 1868

G.P. van Itterzon                Johannes Bogerman. Amsterdam 1980 Vgl. BGLNP deel 2